ניכוי במקור הוא מנגנון שבו מנכה המשלם (מעסיק, לקוח עסקי) חלק מהמס החל על התשלום, ומעביר אותו ישירות למס הכנסה. לשכירים, הניכוי במקור מבוצע על ידי המעסיף על בסיס מדרגות המס ונקודות הזיכוי. לעצמאים, לקוחות עסקיים מסוימים מחויבים לנכות מס במקור מתשלומים לספקים. הניכוי במקור מקוזז מאוחר יותר מול חבות המס השנתית, ובמקרה של ניכוי יתר ניתן לקבל החזר. הבנת הניכוי חשובה לתכנון תזרימי ולמניעת חיובי יתר.